因感染支原體的類型不同，患者的臨床表現有所差異。
肺炎支原體主要引起非典型性肺炎，患者的症狀較輕，主要表現為發熱、頭痛、咳嗽，以及咽喉和肌肉疼痛。部分患者還可伴有肺外症狀，如皮疹、神經系統和心血管症狀。
支原體感染的症狀有很多，具體的症狀還和感染的部位有一定的關系，支原體感染包括泌尿生殖道感染和呼吸道感染。
如果支原體導緻出現了泌尿生殖道感染，會出現泌尿系統的症狀，可能會出現尿頻、尿急或者是尿痛，另外會出現尿道口紅腫，還會出現稀薄的分泌物。
支原體感染還可能會引起呼吸道感染，會出現全身的不适，比如乏力、頭痛等，還可能會出現發燒或者是咽痛以及肌肉酸痛。
支原體緻病性較弱，一般不侵入血液，但可通過黏附作用與宿主細胞結合，從細胞膜獲取脂質，使細胞膜損傷。溶脲脲原體可分解尿素放出大量的氨，對細胞有毒害。
